（一）专用纸张：日元纸张呈淡黄色，含有日本特有植物三桠皮纤维，纸张有非常高的韧性和挺度。
（二）水印：日元的水印图案与正面主景图案相同，由于采用了特殊工艺，故水印的清晰度非常高。
（三）雕刻凹版印刷：日元正背主景、行名、面额数字等均是采用雕刻凹版印刷的，图案线条精细、层次丰富，用手触摸有明显的凹凸感。
（四）凹印缩微文字：日元正背面多处印有“NIPPON GINKO”字样的缩微文字。
（五）盲文标记：日元的盲文标记由圆圈组成，用手触摸有明显的凸起，透光观察也是清晰可见。
（六）磁性油墨：日元正背面凹印部位的油墨是带有磁性的，可用磁性检测仪测出磁信号。
（七）防复印油墨：日元采用了防复印油墨印刷图案，当用彩色复印机复印时，复印出来的颜色与原券颜色明显不同。
（八）光变面额数字：2000日元正面右上角的面额数字是用光变油墨印刷的，与票面呈垂直角度观察呈蓝色，倾斜一定角度则变为紫色。
（九）隐形面额数字：2000日元正面左下角有一装饰图案，将票面置于与视线接近平行的位置，面对光源，作45度或90度的旋转，可看到面额数字“2000”字样。
（十）珠光油墨：2000日元正面左右两侧边分别采用珠光油墨各印刷了一条条带，转换钞票角度可看到有颜色变化。
（十一）隐形字母：2000日元背面右上角的绿色底纹处印有隐形字母，垂直角度下无法看到，将票面倾斜一定角度即可看到“NIPPON”字样，且前3个字母呈蓝绿色，后3个字母呈黄色。
1984年版1000、5000、10000日元与1993年版相比，无凹印缩微文字，冠字号码为黑色，而1993年版的为深棕色。其他防伪特征基本一致。
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